入力する収入の例
クライアントにサービスを提供して報酬を得ました。
3月31日に、本体 51,350円 + 消費税 5,135円分(合計 56,485円)のサービスを提供(請求)しました。
クライアントからは、4月23日に、源泉所得税 5,242円が控除された 51,243円 を回収しました。
取引入力画面を開く
[取引]→[取引の一覧・登録]をクリックします。

売掛金を計上する
決済ステータスを「未決済」にした収入取引を登録します。
金額には源泉所得税が引かれる前の合計金額 56,485円を入力します。

入金と源泉所得税控除を登録する
売掛金が入金されたら(クライアントから支払いがおこなわれたら)、決済登録(消し込み)と差し引く源泉所得税控除の登録を行います。
[取引]→[取引の一覧・登録]画面を開きます。

消し込みたい取引の行をクリックします。

[+決済を登録]ボタンをクリックします。

決済残高を決済登録します。
この時、「入金金額」には源泉所得税が引かれた後の実際の入金金額を入力します。
差額を[支払手数料として登録する]のチェックは外し、[登録]ボタンをクリックします。

取引の一覧画面の[+更新]ボタンをクリックします。

[+更新]ボタンをクリックします。

控除された源泉所得税の情報を以下のとおり入力し、[保存]ボタンをクリックします。
- 勘定科目:「事業主貸」
- 金額:源泉所得税の金額(今回の例では「5,242」円)
- 品目(任意):「源泉所得税」

まとめ
以上で、源泉徴収された収入取引を手動登録することができました。
口座連携しておくと、源泉所得税の控除を自動推測してくれるらしいので、可能であれば口座連携しておきましょう。
私は副業の支払いがプライベート口座に入金されるので毎回手動登録しています。。。
ありがとうございました!